菠萝里有三种不好的成分，可能给人带来麻烦：
甙类，是一种有机物，对人的皮肤、口腔黏膜有一定刺激性。所以吃了未经处理的生菠萝后口腔觉得发痒，但对健康尚无直接危害。
羟色胺，是一种含氮的有机物，有强烈地使血管收缩和使血压升高的作用，每100克果汁中含2.5毫克～3.5毫克。吃多后直接的反应就是头痛。
菠萝蛋白酶，是一种蛋白质水解酶。提炼出来以后有很强的分解纤维蛋白和血凝块的作用，在医疗上有用。
菠萝中的少量蛋白酶吃到胃里后就被胃液分解破坏。但是有少数人对这种酶有过敏反应。吃后15～60分钟左右出现腹痛、恶心、呕吐、荨麻疹(俗称风疹块)、头痛、头晕等症状。严重的还会发生呼吸困难及休克。所谓菠萝过敏就是指此而言。
预防方法：
菠萝去皮和果丁后，切成片或块，放在开水里煮一下再吃。菠萝蛋白酶在45～50℃就开始变性推动作用，到100℃时，90%以上都被破坏；甙类也同时可被破坏消除；羟色胺则溶于水中。经煮沸后口味也得到改善。
如果为了保持菠萝的生鲜口味，可以把切成片或块的菠萝放在盐水(一般烧菜的咸度)里浸泡30分钟左右，再用凉开水浸洗去咸味，也同样可以达到脱敏的作用。